Im Jahr 2001 beschloss die Kirchenstiftung an der Herz Jesu Kirche eine dringend notwendige komplette Innen- und Außenrenovierung durchzuführen. Der Kostenvorschlag der gesamten Renovierung des Innen- und Außenbereichs der Kirche, wurde am 05. November 2001 durch den Bamberger Architekten Herrn Erwin Riedelberger mit 467.702,48 DM angesetzt.

Als erste Maßnahme wurde der stark vom Holzbock befallene Dachstuhl der Kirche begast. Im April 2003 wurde dann mit der Außenrenovierung der Kirche und Neugestaltung des Kirchenumfeldes begonnen. Mit der Innenrenovierung der Kirche wurde im Herbst 2004 begonnen, dabei wurden zuerst in Eigenregie Bänke, Hochaltar und die Treppen entfernt, sowie der Boden ausgekoffert. Weiterhin wurden in Eigenleistung die Kirchenbänke gekürzt, abgebeizt und neu gestrichen. Ohne den großen Arbeitseinsatz der Kleingeseer Ortsbevölkerung, welche in 2245 freiwilligen Arbeitsstunden an der Renovierung der Herz Jesu Kirche beteiligt waren, wäre die Kirchenrenovierung trotz der Finanzhilfe zu den Baukosten durch die Erzdiözese nicht möglich gewesen.

In den darauffolgenden Wochen wurde die Fliesen verlegt, Heizungs- und Elektroarbeiten durchgeführt, Schreinerarbeiten ausgeführt sowie Maler- und Putzarbeiten erledigt.

Im Zuge der Innenrenovierung wurde auch eine Neugestaltung des Chorraums notwendig. Der tragbare alte Volksaltar wurde durch einen massiven neuen Volksaltar aus Granit ersetzt und ein neuer Ambo aufgestellt, welcher den Standpunkt von der linken auf die rechte Seite des Altares wechselte. Modern präsentiert sich der lebendig, frisch wirkende Innenraum der Herz Jesu Kirche. Das Altarbild und die Fenster stehen in enger Verbindung. Hier wurde künstlerisch die Thematik " Verbindung zwischen Himmel und Erde" dargestellt, geschaffen vom Nürnberger Künstler Volkhard Kramer. Die neuen Fenster wurden vom Künstler Joachim Dorn erstellt.

Insgesamt beliefen sich die Kosten der Renovierungsmaßnahmen auf 337.557,00 €, wobei die Innenrenovierung davon 239.835,00 € in Anspruch genommen hatte.  Aus Bamberg erhielt die Kirchenstiftung einen Zuschuss von 147.300,00 €, der Rest wurde aus Haussammlungen von 8.959,00 €, und Spenden aufgebracht.

Am 01. November 2004 konnte durch Hochw. H. Erzbischof Dr. Ludwig Schick der neue Altar konsekriert und dort die Reliquien der Heiligen Verecunda und des Heiligen Bonosus hinterlegt werden.

Dieser Tag war zurecht ein großer Festtag für die gesamte Kirchengemeinde und der krönende Abschluss der gelungenen Renovierungsarbeiten.